Guida utente di SpectrExcel

Installazione

Windows

1. Apri GitHub Releases e scarica spectrexcel-windows-x86_64.exe.
2. Prima di avviarlo, verifica la provenienza del download e confronta il checksum con SHA256SUMS nella release.
3. Avvia il file scaricato. Conferma un eventuale avviso del sistema operativo solo dopo avere completato queste verifiche.

Linux

1. Apri GitHub Releases e scarica SpectrExcel-x86_64.AppImage.tar.gz.
2. Estrai l'archivio, quindi avvia l'AppImage. L'archivio conserva il permesso di esecuzione.
3. Assicurati che il sistema fornisca un'implementazione OpenGL X11/GLX funzionante e i driver grafici dell'host.

Se invece ottieni l'AppImage non archiviata, abilita il permesso di esecuzione prima di avviarla:

chmod +x SpectrExcel-x86_64.AppImage
./SpectrExcel-x86_64.AppImage

Crea la prima esportazione

1. Avvia SpectrExcel.
2. Seleziona l'assay adatto alla misura.
3. Scegli il file o i file di input.
4. Configura le opzioni mostrate per l'assay.
5. Se lo desideri, abilita Includi foglio info per registrare i dettagli di esportazione.
6. Seleziona Genera Excel, scegli il file .xlsx di output e conferma l'esportazione.

L'area attività segnala il caricamento dei file, gli errori di validazione e le esportazioni completate.

Layout e anteprime dei grafici

Apri le Impostazioni con il pulsante a ingranaggio e scegli Layout. Entrambi i layout sono disponibili per ogni assay:

• solo parametri è il layout predefinito. Seleziona Anteprima grafico dopo aver caricato i file per aprire il grafico in una finestra separata.
• parametri + anteprima mostra input, parametri e controlli di esportazione a sinistra e un grafico a destra. Il grafico appare appena termina il caricamento dei file di input e si aggiorna automaticamente quando modifichi i parametri del grafico, inclusi gli intervalli degli assi, le lunghezze d'onda di lettura, la correzione alla lunghezza d'onda o l'ordine dei file cinetici. Il pulsante Anteprima grafico è nascosto in questo layout.

Il cambio di layout si applica immediatamente e viene ricordato dopo il riavvio. Il passaggio tra layout conserva i file caricati, i valori attuali dei parametri e l'ordine dei file cinetici; non è necessario ricaricare i file. L'intestazione e il registro delle attività restano disponibili in entrambi i layout. Scorri il pannello sinistro quando i controlli non entrano nello spazio disponibile.

Il pannello di anteprima mostra un'istruzione prima della selezione dei file, un messaggio di caricamento durante la preparazione dei dati o un errore quando i file o i parametri non possono essere utilizzati. Correggi i parametri non validi per ripristinare il grafico. La scelta del layout non modifica il contenuto del file Excel esportato.

Dettagli di esportazione facoltativi

Ogni assay ha la casella Includi foglio info sotto i controlli di esportazione in entrambi i layout. Inizialmente non è selezionata e ricorda l'ultima scelta tra gli assay e i riavvii dell'applicazione. Abilitala prima di generare il file Excel per aggiungere un foglio info.

Il foglio registra:

• La versione di SpectrExcel e la data e l'ora di esportazione, incluso il fuso orario.
• I nomi dei file sorgente e gli hash SHA-256 che identificano gli esatti byte di input caricati. I percorsi completi dei file non sono inclusi.
• L'assay, le impostazioni che influenzano l'esportazione e i passaggi di elaborazione applicati, come la correzione alla lunghezza d'onda o la rimozione dei duplicati.

I contenuti seguono la lingua dell'applicazione; nomi dei file e hash restano invariati. Le intestazioni delle tabelle sono in grassetto, con una riga vuota tra le sezioni. Tabelle delle misure, grafici e anteprime non cambiano.

Conserva i file di input originali insieme al file Excel. Il foglio info rende i risultati tracciabili, ma non incorpora i file sorgente. Gli hash descrivono gli input al momento del caricamento, anche se i file cambiano prima dell'esportazione.

Citazione

Se usi SpectrExcel nel tuo lavoro, citalo utilizzando i metadati in CITATION.cff. Le versioni sono archiviate su Zenodo; per garantire la riproducibilità, cita il DOI della versione che hai usato.

Il collegamento allineato a destra nel piè di pagina dell'app mostra il DOI della versione installata quando la ricerca all'avvio riesce. Durante la ricerca, senza connessione o se la versione non è archiviata, mostra il DOI di tutte le versioni, che rimanda alla versione più recente. Passa il puntatore sul collegamento per vedere quale citazione rappresenta.

Privacy e accesso alla rete

I file delle misure vengono elaborati in locale e non vengono inviati a GitHub o Zenodo.

L'app contatta automaticamente GitHub all'avvio per verificare gli aggiornamenti e quando selezioni Verifica aggiornamenti. Contatta anche Zenodo all'avvio per cercare il DOI della versione installata; il confronto delle versioni avviene in locale. Entrambi i servizi ricevono le normali informazioni di connessione, inclusi l'indirizzo IP pubblico e le intestazioni della richiesta. Al momento non è possibile disattivare queste richieste all'avvio dalle impostazioni. I download, i collegamenti al progetto e i DOI richiesti vengono aperti nel browser.

Consulta l'informativa su privacy e accesso alla rete, l'informativa sulla privacy di GitHub e l'informativa sulla privacy di Zenodo.

Cinetiche

Usa cinetiche per seguire le variazioni di assorbanza nel tempo in una o più misure .KD.

1. Seleziona uno o più file .KD. SpectrExcel li ordina inizialmente per nome con ordinamento naturale.
2. Se necessario, usa Riordina file. Le colonne del file Excel e le tracce del grafico seguono questo ordine.
3. Imposta la lunghezza d'onda di lettura e quella di correzione.
4. Genera il file Excel.

Per ogni istante, SpectrExcel sottrae l'assorbanza alla lunghezza d'onda di correzione da quella alla lunghezza d'onda di lettura. Scegli una lunghezza d'onda di riferimento a cui il campione non assorbe. Questo rimuove uno spostamento costante della linea di base, non la diffusione della luce che varia con la lunghezza d'onda.

Ogni traccia parte da zero secondi alla prima misura registrata, non necessariamente all'inizio della reazione. Il file Excel contiene le tracce corrette, un grafico di confronto e un foglio raw con i valori prima della sottrazione sullo stesso asse temporale relativo. Non vengono calcolate velocità di reazione o costanti cinetiche.

Binding / titolazione

Usa binding / titolazione per confrontare gli spettri di assorbanza di esperimenti di binding o titolazione contenuti in un file .SD o .txt ed esportarli per ulteriori analisi.

1. Seleziona un file di spettri.
2. Imposta i valori minimo e massimo della lunghezza d'onda per l'asse X del grafico.
3. Imposta i valori minimo e massimo dell'assorbanza per l'asse Y del grafico.
4. Se lo desideri, abilita la correzione e scegli una lunghezza d'onda di riferimento a cui il campione non assorbe.
5. Genera il file Excel.

SpectrExcel rimuove la colonna della deviazione standard, se presente. Se l'input contiene due metà identiche di spettri ripetuti, ne conserva una sola copia. Il file Excel include i dati di lunghezza d'onda e assorbanza per ogni spettro conservato e un grafico sovrapposto degli spettri con gli intervalli selezionati. Non vengono calcolate costanti di legame.

La correzione facoltativa sottrae da ogni spettro l'assorbanza alla lunghezza d'onda selezionata. Questo rimuove uno spostamento costante della linea di base, non la diffusione della luce che varia con la lunghezza d'onda. La correzione è disattivata per impostazione predefinita. Quando la applichi, un foglio raw separato conserva i valori prima della sottrazione, dopo la pulizia descritta sopra.

Famiglia di spettri

Usa famiglia di spettri per esportare gli spettri di assorbanza registrati nel tempo da un file .KD.

1. Seleziona un file .KD contenente spettri completi registrati a tempi di acquisizione successivi.
2. Se lo desideri, abilita la correzione e scegli una lunghezza d'onda di riferimento a cui il campione non assorbe.
3. Genera il file Excel.

Le tabelle includono i tempi di acquisizione, le lunghezze d'onda e tutti gli spettri. I grafici mostrano uno spettro ogni due, iniziando dal primo, con la lunghezza d'onda sull'asse X e l'assorbanza sull'asse Y.

La correzione facoltativa sottrae da ogni spettro l'assorbanza alla lunghezza d'onda selezionata. Questo rimuove uno spostamento costante della linea di base, non la diffusione della luce che varia con la lunghezza d'onda. La correzione è disattivata per impostazione predefinita. Quando la applichi, un foglio raw separato conserva i valori prima della sottrazione.

Formati dei file

• .KD: misure cinetiche usate da cinetiche e famiglia di spettri.
• .SD: spettri di assorbanza binari usati da binding / titolazione.
• .txt: spettri di assorbanza testuali usati da binding / titolazione.

Sono supportati i file binari con intestazioni vecchie e nuove. Gli spettri coprono 190-1100 nm. I file devono comunque avere la struttura prevista per lo strumento e contenere dati di misura completi.

Risoluzione dei problemi

Input non supportato o danneggiato

Verifica che l'assay selezionato supporti l'estensione e che l'esportazione dello strumento sia completa. Un'intestazione illeggibile, spettri mancanti o una lunghezza d'onda selezionata non disponibile interrompono l'analisi o l'esportazione.

L'AppImage non si avvia su Linux

Per un'AppImage non archiviata, esegui chmod +x SpectrExcel-x86_64.AppImage. Se ancora non si avvia, verifica X11/GLX, OpenGL e i driver grafici dell'host.

Il selettore file non è disponibile su Linux

Installa Zenity o KDialog. SpectrExcel prova prima Zenity e poi KDialog; senza entrambi gli strumenti non può aprire il selettore file di sistema.

Verifica del download o dell'aggiornamento

Usa solo GitHub Releases. Confronta il file scaricato con i checksum pubblicati in SHA256SUMS prima di confermare un avviso del sistema operativo o sostituire un'installazione esistente.